Simonemega（分子进化遗传分析）
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MEGA（全称Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一款分子进化遗传分析软件，用于DNA和蛋白质序列数据的系统发育分析，主要功能包括序列比对、进化树推断、分子进化速度估计及进化假说验证。该软件支持最大似然法、邻接法、贝叶斯推断等统计方法，提供ClustalW自动比对算法，并集成对齐编辑器、树探索者等可视化工具，支持FASTA与MEG格式的序列导入与导出 。软件支持Windows、Linux、macOS等操作系统，当前跨平台版本MEGA 12.1通过细粒度并行化提升了最大似然分析效率，新增与TimeTree数据库集成的校准编辑器，并实现多平台会话文件兼容 。其基础操作流程涵盖序列准备、比对参数设置、Bootstrap检验（默认2000次重复）及进化树构建 。该软件可通过官网免费获取安装程序 。
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