Simone李兰娟院士团队发布重大抗病毒研究成果，阿比朵尔、达芦那韦能有效抑制冠状病毒，对新型肺炎治疗有何意义？
的有关信息介绍如下：
我所在的课题组正在进行针对新型冠状病毒的药物筛选。今天看到这个新闻，发现还挺有趣的，一是这两个报道的药物不太眼熟，二是关于药效的表示方式也很奇怪，一般都是用IC50表示，可能是媒体怕老百姓听不懂，同时也为了给大家打气，出了这么个招。所以我自己用分子对接模拟了一下药物和靶点的结合，看看它们有没有独到的地方。
根据@Vigorous Cooler 所介绍的这两个药物的作用机制，推测阿比朵尔应该是作用于Spike Protein（和病毒与宿主细胞的结合有关，以下简称S蛋白），达芦那韦应该是作用3CLpro（蛋白质水解酶）。
S蛋白整体的序列一致性和SARS不高，分子对接结果不准确，所以不做阿比朵儿。3CLpro的序列一致性和SARS非常高（96%），同源建模的结果准确，因此主要把目光放在达芦那韦的分子对接上。
这个小分子就是达芦那韦
我们要用它和3CLpro（如下）做一个分子对接，评价药物和靶点的结合情况
我同时还选用了洛匹纳韦（经典的蛋白酶抑制剂），醋酸环丙孕酮（雄激素受体）这两个药物做验证组和陷阱组，检验分子对接参数调校是否准确。理论上来说，醋酸环丙孕酮的结合情况会比较差，洛皮纳韦的结合情况会比较好。
分子对接按照构象计算—对接模拟—能量最小化这一顺序进行。具体的分析和数据不做陈述，直接上结论，达芦那韦的综合对接评分为149.482分，洛匹纳韦的综合对接评分为146分，醋酸环丙孕酮的综合对接评分为99.7025分。
因此，仅就基于药物虚拟筛选的结果而言，达芦那韦和靶点的结合情况较好，与经典的蛋白酶抑制剂效果相近甚至略高。我对这次新的研究成果持乐观态度。
当然，因为时间的关系，我所做的这个”小项目“，还有很多不完善的地方，比如验证组和陷阱组的数目还不够等，所以不能算是特别严谨，仅供参考。
我最近想写一篇文章，整合一下目前关于新型冠状病毒药学领域的进展，以及科研人员大致会从哪几个方向来入手进行药物研发。感兴趣的知友可以点一个关注。
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